En nuestros años de trayectoria como ONG hemos sido seleccionados en varias subvenciones con diferentes organizaciones como el Fondo Mundial administrado por el Programa para las Naciones Unidas (PNUD) y otra subvención administrada por la Asociación PASMO, el Pan para el Mundo administrado por el Centro de investigación y Promoción para América Central de Derechos Humanos (CIPAC) y Fundación Triángulo.

El ente máximo de AHMNP es la Junta Directiva. Dicha Junta Directiva está compuesta por 5 HSH: un presidente, un secretario, un tesorero, un fiscal y un vocal. La toma de decisiones es con base a la unanimidad o bien, la mayoría (3 + 1). La Junta Directiva se reúne ordinariamente 2 veces al año.

La gestión del día a día de la AHMNP es coordinada por su Director Ejecutivo, el cual implementa las directrices establecidas por la Junta Directiva. De existir algún de tipo de situación en la cual se deba tomar una decisión y la Junta Directiva desconozca, el Director Ejecutivo, hace una convocatoria para reunión extraordinaria de la Junta Directiva, para presentar a la misma la problemática, situación o proyecto, y que ésta tome la decisión correspondiente.

Organizacionalmente, para la implementación de proyectos, AHMNP funciona con una Unidad de Gestión de Proyecto. La organización cuenta con personal administrativo, monitoreo y evaluación, comunicaciones y redes sociales, una facilitadora, así como promotores para la prevención del VIH y fomento de los derechos humanos de personas LGBTQ.

En los 25 años de existencia de AHMNP y 16 años de contar con Personería Jurídica, AHMNP ha mantenido coordinación con el Ministerio de Salud (Programa Nacional de ITS-VIH-HV y Clínicas Amigables) trabajando en conjunto en la prevención del VIH y fomento de Derechos Humanos de HSH y TG, Mecanismo Coordinador de Panamá (MCdP), Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), ONUSIDA, USAID/PASCA, PASMO, USAID I PREVENSIDA, PROBIDSIDA, CIPAC (Centro de Investigación y Promoción para América Central de Derechos Humanos), Despacho de la Primera Dama de la República de Panamá, Organizaciones No Gubernamentales que trabajan en la lucha para la prevención del VIH: Asociación Panameña de Personas Trans (APPT), Wigudun Galu, Mujeres Independientes Luchando por sus Derechos (MILD),  Mujeres con Dignidad y Derecho de Panamá (MDDP), Asociación Nuevos Horizontes (ANH), Cambiando Vidas, Viviendo Positivamente. Además, hemos sido socio implementador de proyectos con algunas de las organizaciones antes mencionadas.

AHMNP forma parte de la ISCA (Integración Sexogenérica Identitaria de Centro América), la cual es una OSC que aglutina a todas las ONG y OSC que trabajan en el reconocimiento de los DDHH de la comunidad LGBTIQ+. Actualmente esta organización está presidida por AHMNP hasta el año 2023.

AHMNP también forma parte de la junta directiva de la IGALAC Somos la Asociación Internacional de Lesbianas, Gays, Bisexuales, Trans e Intersex para América Latina y el Caribe. Conectamos a más de 300 organizaciones miembros presentes en todos los países de la región.